Ďakujem pekne za otázku. Všeobecne platí, že akýkoľvek biomarker je indikátorom normálnych a patogénnych procesov, ktorý môže prispieť v diagnostike, prípadne pri vytváraní skríningu ochorenia/poškodenia resp. identifikácii potenciálnej ochrany. Je rozdiel či ide o diagnostický marker – rozpoznáva ochorenie, alebo prognostický. Ideálny kardiomarker by mal byť pri použití v klinickej praxi opakovane reprodukovateľný, presný, ľahko interpretovateľný s vysokou senzitivitou a špecificitou.
V našom prípade, predtým, ako sa pustíme do hľadania potenciálneho diagnostického markera, vytvárame proteínový profil, v ktorom by sme chceli poukázať na proteíny, ktoré sú svojím výskytom a expresiou charakteristické pre nami skúmaný model a situáciu, a až tak prípadne zistiť, či sa niektoré z nich neukážu ako potenciálne kardioprotektívne markery. Máme v pláne pozrieť sa cielene aj na niektoré z proteínov, o ktorých predpokladáme, že ich expresia má súvis s endogénnou ochranou, ktorá je kľúčová z hľadiska našich experimentov.

Pekný deň prajem, ďakujem za otázku. Limitácie využitia MS na identifikáciu potenciálnych markerov, resp. v našom prípade identifikáciu zmien na úrovni proteínov počas sledovaných signálnych dráh kardioprotekcie sa samozrejme nájdu tak ako pri použití akejkoľvek metódy. V našom prípade využívame typ ionizácie - ESI (ionizácia elektrospejom) - tá nie je tolerantná k detergentom a soliam - to znamená, že je náročná na čistotu vzorky, výhodou je, že sa dá ľahko spojiť s HPLC systémom, i keď samotná analýza vyžaduje pomerne dlhý čas chromatografickej separácie... Samozrejme záleží aj od typu analyzátora, ktorý MS využíva. V našom prípade princíp iónovej pasce. Z hľadiska určenia biomarkerov ešte vystupuje jeden problém, nakoľko rovnaké proteíny sú často uvádzané ako biomarkery veľmi odlišných ochorení.
Každopádne MS analýza je určite výhodnou voľbou na určenie a identifikáciu potenciálnych markerov, prípadne určenie zmien na úrovni proteínov a peptidov či už kontrolných, alebo ovplyvnených vzoriek. Výhoda je vysoká variabilita použitého analyzovaného materiálu - od moču, krvi, plazmy, tkaniva, atď... Vždy je však veľmi dôležitá úprava vzorky, a rovnako tak využitie elektroforéznej techniky, predúprava, odsolenie, atď.
V klinike sa metóda MS využíva dosť často, hlavne v oblasti diagnostiky, prípadne pri overení odpovede na terapiu. Z hľadiska srdca sa väčšinou zisťujú ukazovatele ischémie, nekrózy, hemodynamických zmien. Významné sú určite prognostické markery. Určite je z hľadiska MS zaujímavé sledovanie biologicky aktívnych látok, ktorými reaguje srdce na fyziologické a patologické podnety - tieto sú zaujímavé aj pre nás. Samotnou kapitolou je metabolomika, ktorá sa pri využití MS dostáva veľmi do popredia.