Simulácie elektorodifúzneho transportu v nanokanály

Simulácie elektorodifúzneho transportu v nanokanály

Celkové hodnotenie

Vedecká práca
100%
Prevedenie (dizajn)
100%
Diskusná interakcia
100%
PoužívateľVedecká prácaDizajnDiskusná interakcia
Mgr. Lenka Slušná100%100%100%
Mgr Eva Noskovičová100%100%-
Mgr. Marianna Gregová Trenčanová100%100%-
Bc. Peter Kaštier100%100%-
Mgr. Denisa Suchá100%100%-
Miroslav Ferko100%100%100%
ISBN: 978-80-970712-8-8

Simulácie elektorodifúzneho transportu v nanokanály

Táňa Sebechlebská1 , Pavel Neogrády , Ivan Valent
1 Univerzita Komenského, Prírodovedecká Fakulta, Katedra fyzikálnej a teoretickej chémie, Bratislava 4, Slovenská republika
sebechlebska@fns.uniba.sk

Elektrodifúzia patrí medzi významné transportné procesy a v živých organizmoch sa podieľa napr. na procese svalovej kontrakcie. V 40. rokoch 20. storočia Hodgking a Huxly študovali šírenie elektrických signálov pri prenose nervových vzruchov  na axónoch  obrovských sépii a opísali ho pomocou riešenia stacionárnej Nernstovej – Planckovej -Poissonovej (NPP) teórie [1]. Súčasný rozvoj počítačovej techniky a numerických algoritmov nám dovoľujú riešiť časovo závislé NPP rovnice bez aproximácií akými je elektroneutralita a predpoklad konštantného poľa [2,3].

Zjednodušený model iónového kanála je inšpirovaný reálnym kanálom gramicín A. Vnútro je vyplnené vodným roztokom s dvomi katiónmi (s opačným koncentračným gradientom) a jedným aniónom (bez koncentračného gradientu). Ľavá strana kanála je držaná na nulovom potenciály, zatiaľ čo na pravom okraji v čase t = 0 stúpne potenciál z 0 mV na +100 mV ("voltage clamp"). Výpočty sme uskutočnili pomocou solvera VLUGR2  [4] s implementovanou metódou čiar.

Po získaní riešenia sa analyzovali rýchlostné konštanty vývoja zmeny koncentrácie a potenciálu modelu (viď obrázok) po potenciálovom skoku („voltage clamp“). Počas prvej nanosekundy stúpa len koncentrácia katiónu 1, v dôsledku čoho vzrastá potenciál. Ďalších 50 ns stále stúpa koncentrácia katiónu 1, ale pomalšie. Zároveň stúpa koncentrácia aniónu a klesá koncentrácia katiónu 2. Preto klesá potenciál mierne pod svoju pôvodnú hodnotu. Nakoniec klesá koncentrácia všetkých iónov a potenciál stúpne na pôvodnú hodnotu. Všetky ióny sa dostávajú asi v 500 ns do stacionárneho stavu a je obnovená elektroneutralita. A posteriori diferenciáciou výsledkov získame časový vývoj celkového prúdu, ktorý je zložený z faradaického a posuvného prúdu. Ten má v počiatočných fázach významné zastúpenie, ale v stacionárnom stave sa potenciál nemení, preto má nulovú hodnotu. Napriek tomu, že v našom modeli kanála nemáme zahrnutý vplyv elektrickej dvojvrstvy, pozorujeme jav iónovej prúdovej rektifikácie (ICR „ion current rectification“). Na veľkosť ICR vplýva veľkosť náboja iónov, ale je nezávislá od dĺžky kanála a od permitivity. Jednotlivé ióny k celkovému prúdu prispievajú rôzne a v tomto prípade sledujeme, že kanál je selektívny ku katiónom 1 v pozitívnom smere externého potenciálu.

V simuláciách bolo pozorované zaujímavé nelineárne správanie sa iónového transportu. Použitý matematický model bude rozšírený na modeli v 2D a 3D a môže byť súčasťou modelov biologických procesov alebo iných systémov, ako sú syntetické nanopóry, nanofluidné kanály alebo nanopipety.

Poďakovanie: 

Táto práca bola podporená vedeckou grantovou agentúrou VEGA 1/0633/15 a grantom Univerzity Komenského UK/274/2015.

Zdroje: 

[1] Hodgkin, A. L.; Katz, B. J. Physiol. 1949, 108. 37–77
[2] I. Valent, P. Neogrády, I. Schreiber, M. Marek, J. Comp. Inderdiscip. Sci. 3, 65 (2012).
[3] I.Valent, P. Petrovič, I. Schreiber, M. Marek, P. Neogrády, P. J. Phys. Chem. B. 117, 14282 (2013).
[4] J. G. Blom, R. A. Trompert, J. G. Verwer, ACM TOMS, 22, 302 (1996).
 

Diskusia

Dobrý deň,
chcela by som sa spýtať, či váš program dokáže spracovať aj väčšie ióny.

Ďakujem za otázku,
Nernstova Planckova Poissonova teória je teóriou kontinua, čiže častice sa neberú ako diskrétne jednoty a koncentrácia častíc sa mení kontinuálne. Veľkosť častíc sa preto vôbec nezohľadňuje a sú jednine popísané difúznym koeficientom. Takže ak by sme potrebovali počítať veľké častice dali by sme im veľmi nízku hodnotu difúzneho koeficientu. Existuje však viacero modifikácii tejto teórie medzi nimi je aj tzv. size modiefied NPP teória, kde sa veľkosť častíc zohľadňuje a pravdepodobne by bola pre tento prípad vhodnejšia, ale osobne som s ňou ešte nepracovala. Jej základy sú popísané v práci LU, B; Zhou, Y.C. Biophys J. 2011,100, 2475-2495.

Dobrý deň,
ďakujem za zaujímavú prezentáciu, ktorá len dokazuje široký záber a možnosti biofyziky :) Prezentácia je štandardná, trocha pôsobí dojmom, že bola pripravená narýchlo - vzhľadom na preklepy v menách neodškriepiteľných autorít v oblasti matematického modelovania šírenia nervových vzruchov vrátane popisu iónových kanálov v membráne (nervovej) bunky :) Rovnako v názve kanálu - predpokladám, že sa jedná o gramicidín.
Rada by som sa opýtala, akými experimentálnymi metódami a prístupmi budete (alebo je možné) overovať experimentálne predikčnú schopnosť vytvoreného modelu a jeho plánovaných rozšírení? Ďakujem a prajem veľa úspechov. iwa

Dobrý deň,
Dnes sa ešte veľmi ťažko dá študovať časový vývoj elektrodifúzie ponasadení nejakého potenciálu na membránu, pretože proces beží veľmi rýchlo. Najčastejšie sa pozoruje stacionárny stav a študuje sa iónová prúdová rektifikácia. Tú by sme chceli sledovať najsôr meraniami prechodu elektrolytov cez sklenenú nanopipetu. Preto chceme model rozšíriť aj o zahrnutie náboja na stenách kanála. Merania na živých bunkách zatiaľ nechystáme. Tým že náš model je veľmi zjednodušený skôr zodpovedá kvalitatívnenu opisu transportu v kanáloch ako v reálnych ale pridávaním ďalších vlatností akými je napríklad zmena difúzneho koeficientu iónov pri prechode úzkym kanálom alebo zmena permitivity predpokladáme, že sa budeme približovať k realite čo budeme overovať meraniami už pomocou spomínaných sklenených nanopipiet.

Táňa

Ďakujem, verím, že o vás/vašom tíme, budeme v budúcnosti počuť. iwa