Slovenská bryndza je tradičný syr vyrobený z ovčieho mlieka, ktorý sa vyrába na väčšine územia Slovenska a má štatút chráneného zemepisného označenia v rámci Európskej únie. Aby sa zachovali jeho typické organoleptické vlastnosti, najmä aróma, nie je pri jeho výrobe odporúčané používať bežné komerčné štartovacie kultúry mliečnych baktérií. Výrobcovia, ktorí dodržiavajú tradičnú technológiu výroby na báze nespracovaného ovčieho mlieka, potrebujú vhodné štartovacie kultúry na kontrolu procesu zrenia a priemyselní výrobcovia používajúci pasterizované mlieko by ocenili nové štartovacie kultúry na zlepšenie organoleptických vlastností slovenskej bryndze a podobných syrov. Cieľom našej práce bola metagenomická analýza mikrobiómu srvátky ako vedľajšieho produktu pri výrobe bryndze. pomocou amplifikácie úseku 16S rDNA génu (v prípade analýzy prokaryotickej mikrobioty) a 28S rDNA génu (NL1/NL4 oblasť; pre analýzu eukaryotického zastúpenia). Z amplifikovaných úsekov bola vyrobená knižnica pre nanopórové sekvenovanie platformou MinION (Oxford Nanopore Technologies, Oxford, UK) pomocou Ligation Sequencing Kit (SQK-LSK109). Sekvencie, ktoré sme získali, sme pomocou bioinformatickej analýzy dát spracovali a vizualizovali. Analyzovali sme dve vzorky srvátky z nepasterizovaného mlieka. Prvá vzorka bola odobraná z čerstvej srvátky po koagulácií mlieka, druhá vzorka bola odobraná z fermentovanej srvátky (2 dni pri 28°C). V oboch vzorkách dominovali kmene Firmicutes, Proteobaacteria (v prípade analýzy prokaryotickej mikrobioty) a Ascomycota (pre analýzu eukaryotického zastúpenia). Pozorovali sme, že vo vzorke sladkej srvátky dominoval kmeň Proteobaacteria (65%) nad kmeňom Firmicutes (35%). Vo fermentovanej srvátke dominoval kmeň Firmicutes (98%) nad kmeňom Proteobaacteria (2%). V oboch vzorkách dominoval aj fungálny kmeň Ascomycota. Nanopórové sekvenovanie a analýza metagenómu nám poskytla pohľad na zloženie mikrobiómu v dvoch druhoch srvátky a poskytla informácie o bakteriálnych a fungálnych kmeňoch dôležitých pre bezpečnosť výroby bryndze. Nárast baktérií kmeňa Firmicutes počas fermentácie poukazuje na dôležitosť tohto procesu nielen z hľadiska kvality syra ale aj z hľadiska bezpečnosti nakoľko niektoré druhy baktérií kmeňa Proteobacteria sú producentmi enterotoxínov a môžu byť nebezpečné pre konzumenta a škodlivé pre kvalitu syra. Prítomnosť eukaryotického kmeň Ascomycota je dôležitá nakoľko v oboch srvátkach bol najpočetnejší rad Saccharomycetes (70% v sladkej a 77% vo fermentovanej srvátke). Huby radu Saccharomycetes sú prospešná pre kvalitu bryndze a môžu byť zodpovedné za produkciu dôležitých aromatických zlúčenín počas ich predĺženej aktivity pri zrení syra.
Práca bola podporená Agentúrou na podporu výskumu a vývoja projektom APVV-20-0001.
Markusková B., Lichvariková A., Szemes T., Koreňová J., Kuchta T. a Drahovská H. (2018) Genome analysis of lactic acid bacterial strains selected as potential starters for traditional Slovakian bryndza cheese. FEMS microbiology letters, 365(23), fny257.
Sádecká J., Šaková N., Pangallo D., Koreňová J., Kolek E., Puškárová A., Bučková M., Valík L. a Kuchta T. (2016) Microbial diversity and volatile odour-active compounds of barrelled ewes' cheese as an intermediate product that determines the quality of winter bryndza cheese. LWT, 70, 237-244.