Ľudská krv je tvorená zmesou krvnej plazmy a bunkových komponentov (45%). Trombocyty (krvné doštičky) ako bezjadrové bunky hrajú dôležitú úlohu nielen v procese koagulácie krvi, ale majú podiel aj na potláčaní zápalových procesov a pri hojení rán. Vzhľadom na fakt, že bolo nájdených veľa podobností medzi centrálnym nervovým systémom a biológiou trombocytov, sledovanie zmien proteómu trombocytov môže nájsť ďalšie využitie aj v neurológii a psychiatrii.
Cieľom tejto práce bolo optimalizovať metódu extrakcie proteínov z trombocytov pri extrakcii trombocytov z periférnej krvi. V prvej fáze extrakcie bol optimalizovaný centrifugačný postup získavania trombocytov z periférnej krvi a v druhom kroku boli porovnané viaceré postupy lyzácie trombocytov s následným zrážaním acetónom a etanolom. Koncentrácia extrahovaných proteínov bola stanovená skúškou podľa Bradforda. Kritériom pre výber metódy bola najvyššia koncentrácia získaných proteínov a kompatibilita s nasledovnou analýzou na hmotnostnom spektrometri (zhášanie signálu a zanášanie ihly elektrospreja). Pre identifikáciu extrahovaných proteínov bol zvolený tzv. bottom-up prístup, t. j. proteíny boli pred identifikáciou hmotnostnou spektrometriou digestované trypsínom v roztoku.
Dosiahnuté výsledky môžu byť odrazovým mostíkom pre všetkých, ktorí začínajú s proteomickou analýzou trombocytov a budú nasledované ďalšou proteomickou analýzou trombocytov za účelom nájdenia korelácie medzi proteómom zdravej referencie a zmenou proteómu u suicidálnych pacientov.
Práca bola podporovaná grantovým projektom KEGA 020UK-4/2014.
[1] Hou HW, Asgar A, Bhagat S, Lee WCh, Huang S, Han J. Microfluidic Devices for Blood Fractionation. Micromachines 2011; 2: 319-343.
[2] Donovan LE, Dammer EB, Duong DM, Hanfelt JJ, Levey AI, Seyfried NT, James JL. Exploring the potential of the platelet membrane proteome as a source of peripheral biomarkers for Alzheimer’s disease. Alzheimer’s Research & Therapy 2013; 5: 32.
[3] Kececi Y, Ozsu S, Bilgir O. A Cost-Effective Method for Obtaining Standard Platelet-Rich Plasma. Wounds 2014; 26(8): 232-238.
[4] Volpi E, Giusti L, Ciregia F, Da Valle Y, Giannaccini G, Berti S, Clerico A, Lucacchini A. Platelet proteome and clopidogrel response in patients with stable angina undergoing percutaneous coronary intervention. Clinical Biochemistry 2012; 45: 758–765.
[5] Greening DW, Glenister KM, Kapp EA, Moritz RL, Sparrow RL, Lynch GW, Simpson RJ. Comparison of human platelet membrane-cytoskeletal proteins with the plasma proteome: Towards understanding the platelet-plasma nexus. Proteomics Clin. Appl 2008; 2: 63–77.
vzorky
Dobry den prajem, v prvom rade ocenujem metodicky pristup, nakolko optimalizacia analyz je klucova z hladiska uspesnosti vysledkov. Mozem sa opytat mate skusenosti aj so zmrazenymi vzorkami?? A este by ma zaujimalo ako dokaze ovplyvnit vysledky analyz mnozstvo zrazacieho rozpustadla. Dakujem pekne a drzim palce do dalsieho vyskumu!
Re: vzorky
Dobrý deň, mrazenie vzoky je problematické, musíte rátať s poklesom výťažnosti oproti ,,čersvým" vzorkám. Ak potrebujete vzorku zmraziť, tak vo vysušenom stave-pelet, nie v roztoku. Množstvo zrážacieho rozpúšťadla hrá rolu ak dáme časový limit zrážania, pretože prvotne Vám z roztoku vypadnú abudantné a veľké proteíny a postupne vypadávajú ostatné. Netestovala som malé množstvo rozpúšťadla a extrémne dlhý čas. Možno by sa výťažnosť podobala. Optimálny pomer pre zrážania s acetónom aj v kombinácii s inými rozpúšťadlami je 1:9 v/v proteínový extrakt/rozpúšťadlo.
Re: Re: vzorky
a v pripade, ze bola zmrazena iba plazma s heparinom, ktora sa po rozmrazeni vysusi na peletku? Dakujem
Re: Re: Re: vzorky
Dobrý deň, s mrazením plazmy s heparínom nemáme praktické skúsenosti, my sme mrazili extrahované proteíny. Čo sa týka heparínu, je potrebné otestovať aj výťažnosť získaných trombocytov, nakoľko s heparínom sa štandardne získa menej trombocytov ako napr. s citrátovým pufrom alebo EDTA.
Re: Re: Re: Re: vzorky
Velmi pekne dakujem... tak uvidime co sa s tym bude dat robit.