Črevný mikrobióm človeka plní dôležitú úlohu v rôznych fyziologických procesoch a v zdraví hostiteľa (1). Zahŕňa 500 – 1100 bakteriálnych druhov (2) a počas života človeka sa dynamicky mení (3). Cieľom tejto štúdie bolo zmapovať dynamiku bakteriálnej diverzity črevného mikrobiómu jedného probanda (muž, vek 34 r) a tak prispieť k lepšiemu pochopeniu jeho dynamiky. Pre účely tejto štúdie sa analyzovalo 6 vzoriek stolice odobratých počas dlhšieho obdobia v priebehu roka 2019, ktoré boli využité ako inokulačný materiál pre iné in vitro a in vivo pokusy. Pre analýzu mikrobiómu boli použité dva nezávislé postupy. NGS analýza bakteriálneho 16S metagenómu bola uskutočnená pomocou platformy Illumina MiSeq a mikrobiálne profily vzoriek sme stanovili aj pomocou PCR-DGGE. Analýza sekvenačných dát bola zameraná predovšetkým na bakteriálne kmene Bacteroidetes a Firmicutes. Ukázalo sa, že štruktúra črevného mikrobiómu probanda je počas sledovaného obdobia veľmi stabilná. Anaeróbne bakteriálne druhy dvoch majoritne zastúpených kmeňov Bacteroidetes a Firmicutes tvorili 78 – 91 % z celkového počtu baktérií. Rodové a druhové zastúpenie baktérií vykazovalo menšiu dynamiku v rámci kmeňa Bacteroidetes, kde zároveň dominovali druhy rodu Bacteroides, Parabacteroides, Alistipes a Barnesiella (spolu tvorili 53 – 62 % mikrobiómu). Najväčšiu druhovú rozmanitosť sme pozorovali pri kmeni Firmicutes so zreteľnou dominanciou druhov radu Clostridiales. Okrem toho bola v rámci kmeňa Firmicutes zaznamenaná najväčšia dynamika druhového zastúpenia. Uvedená štúdia dynamiky črevného mikrobiómu človeka naďalej pokračuje a plánuje sa rozšíriť o ďalších zdravých probandov, ale aj o pacientov s kolitídou vyvolanou toxigénnymi kmeňmi Clostridioides difficile, ktorí absolvovali transplantáciu fekálnej mikrobioty.
Tento výskum bol realizovaný s podporou projektov APVV-16-0176, VEGA 1/0519/18 a MZ SR 2019/35-UPJŠ-6.
1. Clemente, J. C., Ursell, L. K., Parfrey, L. W., & Knight, R.: The impact of the gut microbiota on human health: An integrative view. Cell. 2012; 148(6):1258-70.
2. Hooper, L. V., & Gordon, J. I.: Commensal host-bacterial relationships in the gut. Science. 2001; 292(5519):1115-8.
3. Huttenhower, C., Gevers, D., Knight, R., Abubucker, S., Badger, J. H., Chinwalla, A. T., et. al.: Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature. 2012; 486(7402):207-14.
9 mesiacov
Dobry den,
preco prave 9 mesiacov?
Dakujem, s pozdravom, PF
Re: 9 mesiacov
Dobry den,
Dakujem za Vasu otazku. Odbery biologickeho materialu boli sucastou viacerych in vitro a in vivo pokusov, kde spracovany fekalny material sa vyuzil ako inokulum. Alternativna moznost ...bola biologicky material z jedneho odberu kryokonzervovat a zamrazit a pouzit pre vsetky pokusy. Pri takom spracovani vsak obycajne anaerobne bakterie, ktore su majorite zastupene v crevnom mikrobiome velmi rychlo odumieraju. Preto bolo vhodne pozriet sa na stabilitu, pripadne zmeny v mikrobiome, aby sme vedeli usudit, ci jednotlive odbery obsahuju porovnatelne zastupenie bakterii.
S pozdravom,
LA