IHF (Integration Host Factor) je architekturálny proteín, ktorý je v bakteriálnej bunke asociovaný s nukleoidom a podieľa sa na formovaní vyššie organizovaných nukleoproteínových štruktúr nevyhnutných pre základné bunkové procesy ako sú regulácia expresie génov, DNA replikácia či segregácia DNA do dcérskych buniek počas bunkového delenia [1]. V bunkách E. coli sa IHF proteín nachádza vo forme heterodiméru, ktorý pozostáva z dvoch 11 kDa homologických podjednotiek, IHFα a IHFβ. Tieto podjednotky vykazujú 30% sekvenčnú identitu a sú kódované dvoma rôznymi génmi, himA a hip (himD) [2]. Obidve podjednotky IHF proteínu dokážu formovať homodiméry, ktoré si zachovávajú schopnosť viazať sa na molekulu DNA [3].

Predchádzajúce štúdie zamerané predovšetkým na skúmanie IHF proteínu v bunkách E. coli odhalili jeho štruktúru, vlastnosti, ale aj úlohy v procesoch miestne špecifickej rekombinácie, DNA replikácie, DNA transfere či regulácie expresie mnohých génov. IHF proteín však doposiaľ nebol preskúmaný v bunkách octových baktérií. Bioinformatické analýzy preukázali, že primárna aminokyselinová štruktúra IHF-like proteínu sa v porovnaní s IHF proteínom v kmeňoch E. coli výrazne líši, čo môže mať vplyv na spôsob, akým proteín interaguje v bunkách octových baktérií.

V predloženej práci sme sa zamerali na štúdium IHF-like proteínu, ktorý je kódovaný genómom octovej baktérie Acetobacter pasteurianus. Na základe nukleotidovej sekvencie genómu A. pasteurianus IFO 3281-01 sme navrhli PCR primery na amplifikáciu génov ihfα a ihfβ z chromozómu baktérie A. pasteurianus LMG 1513. PCR produkty sme klonovali do expresného vektora pET30a+. Vytvorené konštrukty sme použili na inducibilnú expresiu cieľových génov vo fúzii s hexahistidinovou sekvenciou (His-Tag). Za využitia T7 expresného systému buniek E. coli BL21 (DE3) sme optimalizovali podmienky nadprodukcie fúznych IHF-like proteínov a taktiež sme optimalizovali podmienky FPLC purifikácie jednotlivých proteínových produktov. Nerádioaktívnou EMSA metódou sme potvrdili väzbu podjednotiek IHFα a IHFβ na predpokladaný počiatok replikácie baktérie A. pasteurianus LMG 1513.