Štúdium počiatku replikácie OriC v bunkách octových baktérií

Štúdium počiatku replikácie OriC v bunkách octových baktérií

Celkové hodnotenie

Vedecká práca
90%
Prevedenie (dizajn)
100%
Diskusná interakcia
100%
PoužívateľVedecká prácaDizajnDiskusná interakcia
Mgr Veronika Lišková60%100%-
Mgr. Tomáš Grivalský100%100%-
Bc Aneta Lichvariková100%100%-
RNDr. Erik Mingyár100%100%100%
ISBN: 978-80-970712-8-8

Štúdium počiatku replikácie OriC v bunkách octových baktérií

Juraj Bugala1 , Barbora Majorošová , Viera Cimová
1 Univerzita Komenského, Katedra Molekulárnej biológie, Bratislava 4, Slovenská republika
Juraj.Bugala@gmail.com

V procese iniciácie replikácie DNA dochádza k interakcii replikačných proteínov so špecifickou oblasťou DNA, ktorá je označovaná ako OriC. Hlavným iniciačným proteínom je DnaA proteín [1]. Práve interakcia OriC a DnaA proteínu je základnou podmienkou pre úspešnú iniciáciu replikácie DNA. K tejto interakcii dochádza na špecifických sekvenciách v rámci OriC, tzv. DnaA boxoch [2]. Vo všeobecnosti platí, že počiatok replikácie pozostáva z dvoch funkčných oblastí. Prvou je DnaA väzobná oblasť a druhou AT bohatý región. DnaA oblasť má viacero DnaA viažucich oblastí, ku ktorým patria aj DnaA boxy. DnaA boxy sú asymetrické 9 nukleotidov dlhé špecifické motívy, ktorých sekvencia, počet a rozloženie odráža diverzitu organizmov [3]. DnaA boxy tvoria miesto pre naviazanie DnaA monomérov, ktoré interagujú s OriC a vytvárajú štruktúru, ktorá je schopná rozrušiť dvojzávitnicu DNA. Komplex OriC-DnaA vytvorí torzné pnutie v DNA helixe, to sa sústreďuje na AT bohatý región a spúšťa rozpletanie dvojvlákna. V predchádzajúcej práci sme identofikovali predpokladaný počiatok replikácie v Acetobacter pasteurianus. Zamerali sme sa na cielenú PCR mutagenézu DnaA boxov a následné overenie schopnosti mutovaných počiatkov replikácie viazať DnaA iniciačný proteín. Predpokladaný počiatok replikácie sme klonovali do vektoru pGEM Teasy a PCR sme mutovali jednotlivé DnaA boxy alebo ich kombinácie. U takto pripravených mutantných  formiem sme testovali väzbu s DnaA proteínm pomocou Electro Mobility Shift Assay.

Poďakovanie: 
Zdroje: 

[1] Wolański, M., Donczew, R., Zawilak-Pawlik, A., et al. (2015) Front. in Microbiology 5, p. 735.
[2] Saxena, R. (2013) OA Biochemistry 1(2), p. 13.
[3] Messer, W. (2002) FEMS Microbiology Reviews 26, p. 355.
 
 

Diskusia

Cau Juro, ak si dobre pamatam tak DnaA protein potrebuje na svoju aktivitu ATP. pridavali ste aj v EMSE do reakcii ATP, alebo sa v in vitro dokaze tento protein naviazat aj bez ATP. diky

Ahoj Erik, dik za otazku. Nepridavali sme ATP do reakcie. DnaA sa dokaze viazat na silne DnaA boxy (9bp) aj bez ATP. ATP-DnaA sa ale dokaze viazat aj na tzv. slabe DnaA boxy (6bp), ale len ak v susedstve je uz naviazany proteín na silnom boxe.