Genetická diverzita raže (Secale cereale L.) na základe SSR markerov

Spomedzi DNA techník dopĺňajúcich bielkovinové analýzy, ktoré sa v súčasnosti používajú, mikrosatelitné markery vykazujú najväčší polymorfizmus [1,2]. V posledných rokoch sú mikrosatelity široko využívané v štúdiách populačnej genetiky, pretože vykazujú vysoký stupeň polymorfizmu, multialelizmus, sú kodominantné, bi-parentálne dedičné a jednoducho sa detegujú pomocou polymerázovej reťazovej reakcie [4]. Cieľom našej práce bolo analyzovať a hodnotiť stupeň polymorfizmu v mikrosatelitných sekvenciách genómu 45 genotypov raže siatej (Secale cereale L.). Na zistenie genetickej variability sme použili tri mikrosatelitné markery (SCM 268, SCM 28, SCM 120), ktoré popísali [4]. Zafarbené gély sme hodnotili kvalitatívne z hľadiska prítomnosti DNA fragmentov, pričom sme určovali aj veľkosť amplifikovaných fragmentov pomocou 10 bp DNA markera (rozsah 10-330 bp). Na základe frekvencie alel sme vypočítali index diverzity (DI), polymorfický informačný obsah (PIC) a pravdepodobnosť identity (PI). Tri mikrosatelitné markery spolu amplifikovalo 21 alel s priemerným počtom 7,0 alel na lokus. Najvyšší počet alel sme detegovali pri SCM 28 (11 alel). Pri markeroch SCM 268 a SCM 120 sme identifikovali 5 alel. Priemerná hodnota DI bola 0,715 pričom sa pohybovala v rozmedzí od 0,615 (SCM 120) do 0,771 (SCM 28). Polymorfický informačný obsah (PIC), zohľadňujúci frekvenciu alel, varíroval v rozmedzí od 0,604 (SCM 120) do 0,764 (SCM 28). Priemerná hodnota PIC pre použité SSR markery bola 0,701. Ukazovateľom polymorfického charakteru markerov bola pravdepodobnosť identity (PI), ktorá vyjadruje do akej miery sú dva sledované genotypy identické. Priemerná hodnota PI analyzovaného súboru bola 0,048. Najnižšiu hodnotu  vykazoval marker SCM 268 (0,019). Pri všetkých troch použitých markeroch sme zistili PIC hodnotu vyššiu ako 0,6, na základe čoho ich považujeme za dostatočne polymorfické na odlíšenie analyzovaných genotypov raže siatej.