Analýza bola zameraná na štúdium komplexného mikrobiálneho ekosystému sudovaného ovčieho syra, ktorý je vyrobený v letnom období zo sezónneho prebytku surového ovčieho mlieka. Tento syr dostal pomenovanie sudovka na základe jeho dlhodobého uskladnenia v drevených dubových kadiach (sudoch). V zimnom období, pri deficite čerstvého ovčieho mlieka, je drevená kaďa otvorená a syr sa ihneď spracovaný na bryndzu. Cieľom tejto štúdie bola identifikácia mikrobiálnej populácie z piatich sudoviek pomocou nekultivačných metód - denaturačnej gradientovej gélovej elektroforézy (DGGE) spojenej s tvorbou klonových knižníc, orientovaných na ITS oblasť, 26 S rRNA gén (kvasinky a vláknité huby) a 16S rRNA gén (baktérie). Pre 16S rRNA gén boli použité dva sety primerov (so všeobecným zameraním pre bakteriálnu populáciu 341f- 985r a primery určené pre bližšiu charakterizáciu baktérii mliečneho kysnutia 27F – Lac2). Zástupcov klonov vytvorených klastrov sme identifikovali sekvenčnou analýzou, ktorá v prípade 16S rRNA génu odhalila prítomnosť dominantného druhu Lactococcus lactis spp. lactis, vo všetkých analyzovaných vzorkách. Ďalšie stanovené druhy zúčastňujúce sa zrecieho procesu pochádzali z rodov Enterococcus, Leuconostoc, Streptococcus. Kompozícia a diverzita eukaryotickej mikroflóry bola vo všetkých sudovkách diametrálne odlišná, až na prítomnosť Geotrichum candidum, ktorý predstavoval markantný podiel vo všetkých sudovkách. Ďalšie vláknité huby pochádzali z rodu Fusarium, Mucor, Penicillium, Phytophthora. Zároveň sme identifikovali 9 rodov kvasinik (Candida, Dipodascus, Debaryomyces, Kluyveromyces, Malassezia, Rhodotorula, Saccharomyces, Trichosporon, Yarrowia).
Kľúčové slová: sudovaný ovčí hrudkový syr, mikroflóra,16S rDNA, ITS, 26SrDNA
Táto práca vznikla aj vďaka podpore Agentúry na podporu výskumu a vývoja na základe zmluvy č. APVV-0590-10.