Dynamika črevného mikrobiómu zdravého človeka počas deviatich mesiacov

Dynamika črevného mikrobiómu zdravého človeka počas deviatich mesiacov

Rok:
2020

Celkové hodnotenie

Vedecká práca
100%
Prevedenie (dizajn)
100%
Diskusná interakcia
100%
PoužívateľVedecká prácaDizajnDiskusná interakcia
Mgr. Veronika Bugárová100%100%100%
Ing. Anna Giertlová100%100%-
ISBN: 978-80-972360-6-9

Dynamika črevného mikrobiómu zdravého človeka počas deviatich mesiacov

Ľuboš Ambro1 Anna Kamlárová1 René Link1 Martin Novotný2 Gábor Beke3 Alojz Bomba1
1Ústav experimentálnej medicíny, Lekárska fakulta, Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach, Trieda SNP 1, 040 11, Košice, Slovensko
2Klinika infektológie a cestovnej medicíny, Univerzitná nemocnica Louisa Pasteura v Košiciach, Rastislavova 43, 040 01, Košice, Slovensko
3Ústav molekulárnej biológie, Slovenská akadémia vied, Dúbravská cesta 21, 845 51 Bratislava, Slovensko
lubos.ambro@upjs.sk

Črevný mikrobióm človeka plní dôležitú úlohu v rôznych fyziologických procesoch a v zdraví hostiteľa (1). Zahŕňa 500 – 1100 bakteriálnych druhov (2) a počas života človeka sa dynamicky mení (3). Cieľom tejto štúdie bolo zmapovať dynamiku bakteriálnej diverzity črevného mikrobiómu jedného probanda (muž, vek 34 r) a tak prispieť k lepšiemu pochopeniu jeho dynamiky. Pre účely tejto štúdie sa analyzovalo 6 vzoriek stolice odobratých počas dlhšieho obdobia v priebehu roka 2019, ktoré boli využité ako inokulačný materiál pre iné in vitroin vivo pokusy. Pre analýzu mikrobiómu boli použité dva nezávislé postupy. NGS analýza bakteriálneho 16S metagenómu bola uskutočnená pomocou platformy Illumina MiSeq a mikrobiálne profily vzoriek sme stanovili aj pomocou PCR-DGGE. Analýza sekvenačných dát bola zameraná predovšetkým na bakteriálne kmene Bacteroidetes a Firmicutes. Ukázalo sa, že štruktúra črevného mikrobiómu  probanda je počas sledovaného obdobia veľmi stabilná. Anaeróbne bakteriálne druhy dvoch majoritne zastúpených kmeňov Bacteroidetes a Firmicutes tvorili 78 – 91 % z celkového počtu baktérií. Rodové a druhové zastúpenie baktérií vykazovalo menšiu dynamiku v rámci kmeňa Bacteroidetes, kde zároveň dominovali druhy rodu Bacteroides, Parabacteroides, Alistipes a Barnesiella (spolu tvorili 53 – 62 % mikrobiómu). Najväčšiu druhovú rozmanitosť sme pozorovali pri kmeni Firmicutes so zreteľnou dominanciou druhov radu Clostridiales. Okrem toho bola v rámci kmeňa Firmicutes zaznamenaná najväčšia dynamika druhového zastúpenia. Uvedená štúdia dynamiky črevného mikrobiómu človeka naďalej pokračuje a plánuje sa rozšíriť o ďalších zdravých probandov, ale aj o pacientov s kolitídou vyvolanou toxigénnymi kmeňmi Clostridioides difficile, ktorí absolvovali transplantáciu fekálnej mikrobioty.

Poďakovanie: 

Tento výskum bol realizovaný s podporou projektov APVV-16-0176, VEGA 1/0519/18 a MZ SR 2019/35-UPJŠ-6.

Zdroje: 

1. Clemente, J. C., Ursell, L. K., Parfrey, L. W., & Knight, R.: The impact of the gut microbiota on human health: An integrative view. Cell. 2012; 148(6):1258-70.
2. Hooper, L. V., & Gordon, J. I.: Commensal host-bacterial relationships in the gut. Science. 2001; 292(5519):1115-8.
3. Huttenhower, C., Gevers, D., Knight, R., Abubucker, S., Badger, J. H., Chinwalla, A. T., et. al.:  Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature. 2012; 486(7402):207-14.

Diskusia

Dobry den,

preco prave 9 mesiacov?

Dakujem, s pozdravom, PF

Dobry den,

Dakujem za Vasu otazku. Odbery biologickeho materialu boli sucastou viacerych in vitro a in vivo pokusov, kde spracovany fekalny material sa vyuzil ako inokulum. Alternativna moznost ...bola biologicky material z jedneho odberu kryokonzervovat a zamrazit a pouzit pre vsetky pokusy. Pri takom spracovani vsak obycajne anaerobne bakterie, ktore su majorite zastupene v crevnom mikrobiome velmi rychlo odumieraju. Preto bolo vhodne pozriet sa na stabilitu, pripadne zmeny v mikrobiome, aby sme vedeli usudit, ci jednotlive odbery obsahuju porovnatelne zastupenie bakterii.

S pozdravom,
LA