Fylogenéza streptomycétových fágov a ich endolyzínov

Fylogenéza streptomycétových fágov a ich endolyzínov

Celkové hodnotenie

Vedecká práca
100%
Prevedenie (dizajn)
100%
Diskusná interakcia
PoužívateľVedecká prácaDizajnDiskusná interakcia
Mgr. Lenka Raabová100%100%-
RNDr. Miroslav Horváth PhD.100%100%-
ISBN: 978-80-972360-1-4

Fylogenéza streptomycétových fágov a ich endolyzínov

Darina Peterková1 , Barbora Vidová2 , Andrej Godány
1 Univerzita Sv. Cyrila a Metoda v Trnave, Trnava, Slovensko
2 Ústav molekulárnej biológie, Slovenská akadémia vied, Bratislava
darinapeterkova@gmail.com

Čoraz viac sa v súčasnosti sústreďuje pozornosť vedcov na bakteriofágové endolyzíny vo forme enzybiotík ako jeden z potenciálne účinných nástrojov proti multirezistentným baktériám. Endolyzíny sú peptidoglykánové hydrolázy degradujúce bunkovú stenu baktérií na konci lytického cyklu bakteriofágov. Tieto sa dajú použiť aj zvonku ako náhrada antibiotík, kedy po štiepení bunkovej steny baktérie nie je bunka schopná udržať svoje vnútorné napätie a praská.

V práci sa zameriavame na aktinobakteriofágy infikujúce rod Streptomyces. Rod Streptomyces je zaujímavý svojou vysokou produkciou rôznych sekundárnych metabolitov. Viac ako 70% klinicky používaných antibiotík je produkovaných práve Streptomyces sp. Tento rod taktiež prešiel určitým vývojovým cyklom, keďže tvorí mycélium a na základe tohto sa predpokladá, že fágy infikujúce tento rod taktiež prešli vývojovým cyklom. Navyše Streptomyces sp. je na proteomickej úrovni podobný rodu Mycobacterium (Mycobacterium tuberculosis) a teda je výhodnejšie zameriavať sa a pracovať s nepatogénnymi organizmami a následne poznatky aplikovať na patogény.

Pochopenie fylogenetických vzťahov samotných streptomycétových aktinofágov a ich endolyzínov môže prispieť k in silico analýze a modelovaniu širokospektrálneho endolyzínu zameraného na Grampozitívne baktérie. Z databáz NCBI a The Actinobacteriophage database bolo spolu získaných 120 streptomycétových aktinobakteriofágových genómov (marec 2017) a doposiaľ boli u 48 z nich predikované endolyzíny pomocou anotačných serverov BASys, PHASTER a BLAST, pomocou ktorých boli predikované aj niektoré funkčné domény endolyzínov. Dáta boli zhromažďované v rámci programu CLC Sequence viewer a v jeho prostredí boli zhotovené zrovnania celých genómov, endolyzínových aminokyselinových sekvencií a fylogenetické stromy oboch súborov. 

Poďakovanie: 

Práca bola podporená VEGA grantom 2/0123/14.

Zdroje: 

Diskusia