Podľa posledného štatisticky vyhodnocovaného roku 2020 je karcinóm prostaty (KP), po karcinóme kolorekta a pľúc, tretím najčastejšie diagnostikovaným onkologickým ochorením postihujúcim urogenitálny systém slovenských mužov. V súčasnosti, je KP predmetom mnohých štúdií, ktorých úlohou je nielen pochopiť etiológiu tohto ochorenia, ale najmä identifikovať také biomarkery, ktoré by pomohli pri detekcii agresívnejších foriem KP a správnom nastavení kuratívnej liečby pacientov. V našej štúdií sme sa zamerali na gén EpCAM (epiteliálna bunková adhezívna molekula), ktorý predstavuje jeden z potenciálnych biomarkerov a terapeutických cieľov KP. Nadmerná expresia proteínu EpCAM sa vyskytuje až u 40-60% pacientov s KP a je tiež asociovaná s agresivitou karcinómu, tvorbou metastáz, rezistenciou na liečbu, zvýšeným rizikom recidívy a zlou prognózou pre pacienta. Náš súbor tvorilo 50 pacientov s metastatickým kastračne rezistentným karcinómom prostaty (mKRKP). Z pôvodných 5 ml periférnej krvi sme odobrali ~ 2,5 ml buffycoat-u (vrstva krvi s leukocytmi), z ktorej sme izolovali gDNA. Následne sme zmerali koncentráciu DNA, čistotu nukleových kyselín v jednotlivých eluátoch (NanoDrop™2000, Qubit®3.0). K príprave NGS knižníc bolo potrebné nariedenie DNA o koncentrácii 20 ng/µl. Samotnú sekvenáciu na platforme Illumina a analýzu primárnych sekvenačných dát realizoval externý dodávateľ v Španielsku (Sistemas Genómicos). Pre každého pacienta bol vytvorený súbor VCF. Pomocou nástroja IGV sme vizuálne kontrolovali identifikované varianty v jednotlivých exónoch génu EpCAM. Klinický význam a výskyt identifikovaných variantov sme overovali cez databázy ClinVar a VarSome, a dopad jednotlivých variantov na funkciu proteínu EpCAM sme verifikovali pomocou in silico nástrojov PolyPhen-2 a SIFT. V géne EpCAM sme identifikovali 5 variantov meniacich zmysel, tzv. missense variantov. V extracelulárnej doméne (exón 1-6), ktorá začína signálnym peptidom v exóne 1, sme lokalizovali varianty p.Ala2Val a p.Thr17Lys. In silico nástroje predpovedali poškodzujúci efekt oboch týchto variantov, aj napriek ich benígnemu statusu v databázach. V exóne 3, v doméne TY (thyroglobulin type 1), ktorá je konzervovaná v mnohých proteínoch; schopná viazať a tým inhibovať určité katepsíny (cysteín proteázy), ktoré sa podieľajú na progresii karcinómu, sa nachádzali benígne varianty p.Gln89His (možný poškodzujúci efekt: PolyPhen-2) a p.Met115Thr. V exóne 5 sme identifikovali pravdepodobne benígny variant p.Ala165Thr. Našu štúdiu by sme chceli v budúcnosti doplniť o stanovenie expresie proteínu EpCAM u pacientov s KP využitím imunohistochemickej analýzy.
Táto práca bola podporená projektmi APVV-15-0181 a VEGA č. 1-0014/22.
Yang L., Wang Q., Zhao Q., Yang F., Liu T., Huang X., Yan Q. and Yang X.: Deglycosylated EpCAM regulates proliferation by enhancing autophagy of breast cancer cells via PI3K/Akt/mTOR pathway. Aging. 2021, 14(1):316-29.
Kliment J., Baluchova K., Grendár M., Eliáš B., Mráz R., Čech P., Holečková K., Kliment J. jr. and Drobková H.: Suboptimálna liečebná odpoveď u pacientov s mKRKP a prítomnosťou AR-V7 liečených abiraterónom a enzalutamidom. Klinická urológia. 2020, 16(1):6-12.
Huang L., Yang Y., Yang F., Liu S., Zhu Z., Lei Z. and Guo J.: Functions of EpCAM in physiological processes and diseases (Review). International Journal of Molecular Medicine. 2018, 42:1771-85.
Xu T., Liu Y.,. Schulga A., Konovalova E., Deyev SM., Tolmachev V. and Vorobyeva A.: Epithelial cell adhesion molecule‑targeting designed ankyrin repeat protein‑toxin fusion Ec1‑LoPE exhibits potent cytotoxic action in prostate cancer cells. Oncology Reports. 2022, 47:94-103.
Ni J., Cozzi P., Beretov J., Duan W., Bucci J., Graham P. and Li Y.: Epithelial cell adhesion molecule (EpCAM) is involved in prostate cancer chemotherapy/radiotherapy response in vivo. BMC Cancer. 2018, 18:1092-1111.