Bryndza je prírodný roztierateľný zrejúci syr, ktorý obsahuje veľké množstvo mikroorganizmov, ktoré sa prirodzene v bryndzi vyskytujú. Práve mikroorganizmy dodávajú bryndzi špecifickú chuť, vôňu a probiotické vlastnosti. Vzhľadom k tomu, že bryndza sa môže vyrábať z tepelne neopracovaného mlieka, vzniká riziko mikrobiálnej kontaminácie. Toto riziko sa znižuje pri vyrábaní bryndze z tepelne ošetreného mlieka, ale hlave dodržiavaním zásad správnej výrobnej praxe a tiež systému HACCP. Kritéria hygieny procesu stanovujú limity pre Escherichia coli a Staphylococca aurea pre syry zo surového mlieka , kde patrí aj bryndza. Pri vyšetrení bryndze sme používali selektívne média a preto, vyslovujeme domienku o kultivácií E. coli aj Enterobacter aerogenes na Endo Agar Base M1077, kde sme pozorovali ružovočervené kolónie s kovovým leskom udávajúce E. coli a slaboružové kolónie charakteristické pre Enterobacter aerogenes, a o kultivácií Staphylococcus aureus na Baird Parker Agar Base M043, kde sme pozorovali charakteristické atypické kolónie koagulázapozitývnych stafylokokov kontaminujúcich mliečne výrobky. Všetky vzorky vykazovali po zhodnotení prekračujúce hodnoty mikroorganizmov a to na Endo Agar Base M1077, určeného pre kultiváciu laktózu fermentujúcich koliformných baktérií, kde sme zistili od 9,0.10²  až 4.10⁵  KTJ/ml^-1. Na  Baird Parker Agar Base M043 určeného na  izoláciu koaguláza pozitívnych stafylokokov sme stanovili od 1.10³  až 6,1.10⁵ KTJ/ml^-1. Na agare Lactobacillus MRS Agar M641 pre kultiváciu druhov rodu Lactobacillus, sme vykultitovali laktobacily, ktoré sú v bryndzi žiadúce a vyskytujú sa v nej vo veľkých počtoch. Vo vzorkách zaznamenali 7,4.10⁵ až 1,7.10⁸ KTJ/ml¹, ktorý sme vykonali na agare Lactobacillus MRS Agar M641 pre kultiváciu druhov rodu Lactobacillus. Práve tieto potrebné mikroorganizmy spôsobujú pokles pH tiež vznik typickej chuti a vône, a dávajú bryndzi probiotickú hodnotu.

Na základe stanovenia mikroorganizmov na selektívnych médiach, predpokladáme, že všetky skúmané vzorky presahujú limit baktérií E. coli a stafylokoka aurea, ktoré sú stanovené v kritériách hygieny procesu. Vykultivované laktobacily potvrdzujú ich prítomnosť v bryndzi, ktorá je dôležitá z hľadiska výroby bryndze a jej probiotickej hodnoty.