Kolorektálny karcinóm (CRC) predstavuje závažný celosvetový zdravotný problém. Napriek prevencii a skríningu má toto ochorenie stúpajúcu tendenciu a vysokú mortalitu. Je preto potrebné zavádzať nové, neinvazívne, ale dostatočne citlivé metódy detekcie tejto choroby. V súčasnosti sa zdajú byť vhodnými biomarkermi tkanivovo a nádorovo špecifické mikroRNA. V našej štúdii bolo celkovo vyšetrených 71 pacientov s histologicky potvrdeným CRC. Kontrolnú skupinu tvorilo 80 zdanlivo zdravých osôb. Zo vzoriek periférnej krvi bola pomocou kvantitatívnej Real-Time PCR metódy stanovená expresia 10 mikroRNA: miR-143, miR-145, miR-221, miR-27a-3p, miR-21, let-7a, miR-126, miR-155, miR-31, miR-150. Analýza vybraných miRNA a štatistické zhodnotenie výsledkov bolo realizované v programe GraphPad Prism 5. Rozdiel v hladinách expresie jednotlivých miRNA bol testovaný Mann-Whitneyovým nepárovým testom a miera expresie štatisticky významných miRNA, vo vzťahu ku karcinómu kolorekta, ROC analýzou. Vo vzorkách periférnej krvi pacientov s CRC bola, v porovnaní s kontrolnou skupinou, štatisticky významne vyššia expresia miR-21 (p < 0,0001), miR-221 (p < 0,0001), miR-143 (p < 0,0001) a miR-145 (p < 0,0002) a naopak významne nižšia expresia miR-150 (p = 0,0054). Kombinovanou ROC analýzou (p < 0,0001) sa preukázalo, že pomocou miR-21, miR-221, miR-143, miR-145, miR-150 dokážeme rozlíšiť pacientov s CRC od kontrolných jedincov na 90 %. Korelácia medzi sledovanými miRNA a klinicko-patologickými parametrami sa nepotvrdila. Záverom možno konštatovať, že v periférnej krvi u pacientov s CRC bola zmenená expresia miR-21, miR-221, miR-143, miR-145 a miR-150. Tieto zmeny môžu súvisieť s prejavom ochorenia a mohli by byť využité ako diagnostické markery CRC. Súčasne by stanovenie profilov miRNA z krvi mohlo prispieť nielen k včasnej diagnostike tohto ochorenia, ale prispieť aj k určeniu prediktívnych faktorov, ktoré by umožnili cielenú a personifikovanú liečbu týchto pacientov.
Táto práca bola podporená projektom „Martinské centrum pre biomedicínu (BioMed Martin)“
ITMS kód projektu: 26220220187, ktorý je spolufinancovaný zo zdrojov EÚ a projektom Ministerstvom zdravotníctva SR, číslo: MZ 2012/25-UK-UKMA2.
Otazka
Dobry den. Mate zaujimave vysledky. Chcela by som sa spytat ako planujete vyzuzit vysledky prezentovanej prace? Je mozne tieto vysedky vyuzit uz pri screeningu nejakej skupiny pacientov? Ďakujem
Re: Otazka
Dobrý deň Veronika, ďakujem za otázku. Náš výskum je ešte v začiatočnom štádiu, zamerali sme sa práve na výskum miRNA ako novodobých neinvazívnych markerov u pacientov s kolorektom. Chceme naše výsledky ešte porovnať u tých istých pacientoch ale na parafínových bločkoch a zistiť, či došlo ku korelácii, uvidíme, čo sa nám podarí zistiť. A samozrejme rozširujeme nás súbor respondentov a budeme pokračovať v štúdii.
Diagnostická výkonnosť
Dobrý deň Miroslava, teší ma, že ste sa podujali na komplexnejší typ klinického výskumu. V abstrakte píšete, že ste nepotvrdili "koreláciu sledovaných miRNA s klinicko-patologickými parametrami". Aké parametre ste hodnotili? Ďalšia moja otázka - čo znamená kombinovaná ROC analýza? S využitím "pravdepodobnostných vzorčekov"? Alebo ste sa pokúsili ste sa o multivariačný prístup? Pri hodnotení vzťahov medzi ochorením a vysvetľujúcimi premennými (miRNA a klinicko-patologickými parametrami)sa dá využiť logistická regresia - počty máte rozumne vysoké a výstupom logistických modelov je tiež ROC krivka, ktorej diagnostická výkonnosť by bola vyššia ako výkonnosť "single" testov.
A posledná otázka neexperta :) - môžu sa hladiny miRNA meniť s vekom? Ak áno, akého veku boli vyšetrené osoby? Ďakujem a želám všetko dobré.
iwa
Re: Diagnostická výkonnosť
Dobrý deň Iwa a samozrejme ďakujem aj za otázku. V štúdii sme hodnotili klinicko-patologické parametre ako štádium ochorenia, grade, popis nádoru, postihnutie regionálnych lymfatických uzlín, prítomnosť metastáz a korelovali sme ich s uvedenými miRNA. Bola robená ROC krivka pre kombináciu 5 miRNA (miR-21, miR-221, miR-143, miR-145 a miR-150), čo nám vyšli signifikantne (krivka je uvedená ako kombinovaná ROC analýza). Na tvorbu ROC kriviek za účelom stanovenia senzitivity a špecificity v kombinácii viacerých génov sme realizovali pomocou štatistického softwaru JMP. A áno logistickú regresiu sme tiež použili, ale nie už na jednotlivé klinicko-patologické parametre (ale dodatočne by sme mohli len skúsiť štatisticky preveriť aj Vami navrhovanú možnosť, ďakujem za inšpiráciu).
Hladiny miRNA by sa mohli meniť s vekom, nakoľko je málo štúdií, ktoré sa touto problematikou zaoberá a nebolo to prvotným cieľom našej štúdie, tak sme sa danou problematikou nezaoberali. A v našom súbore bol vek pacientov v rozmedzí 40-86 rokov a vek kontrolnej skupiny 44-86 rokov. Ono však asi aj záleží ako by sa prerozdelili jednotlivé vekové kategórie u respondentov a tažko by sa nám sledovalo napr. u konkrétnej osoby zmeny hladín miRNA počas jej života, lebo by sa museli asi v pravidelných časových intervaloch odoberať vzorky krvi a zistiť tak resp. potvrdiť zmenu hladín miRNA s vekom. Bol by to asi boj na "dlhé lakte". Ospravedlňujem sa Vám, ale neviem úplne reagovať na Vašu otázku ohľadom veku, keďže som sa tým nezaoberala.
ďakujem
Mirka
Re: Re: Diagnostická výkonnosť
Dobrý deň Mirka, máte pravdu v tej dynamike na úrovni jednotlivcov (within-subject variability), málokedy sa taký výskum dá urobiť a ak aj áno, málokedy pridaná informácia vyváži finančné náklady na epidemiologickú štúdiu. Väčšinou sa vychádza z priemerov a "between-subject" variability v jednotlivých vekových kohortách.
V prípade Vášho dizajnu štúdie je vhodné modelovanie výstupu (diagnóza C18-21 prítomná/neprítomná) logistickou regresiou s využitím údajov pre kombináciu 5 miRNA (alebo vybranú jednotlivú), plus vek, pohlavie, štádium ochorenia (TNM klasifikáciou), histol. typ a grading (prípadne ešte fajčenie :) by poskytlo kvalitatívnu informáciu o nezávislom príspevku vyššej hladiny expresie miRNA k riziku C18-21. Nezávislom riziku preto, že výsledok (=zvýšenie šance choroby) by bol zohľadnený k/adjustovaný na vek, pohlavie, štádium atď. Ak prídete na záverečný seminár, môžeme sa o tom porozprávať :)
Iwa