Ďakujem za reakciu. V prvom rade by som sa chcel ospravedlniť za neskoré reagovanie z mojej strany, bolo potrebné dokončiť bakalársku prácu, takže som nestíhal. Čo sa odpovedí na otázky týka:

1) V rámci experimentu sme skúšali len jednu dĺžku (20s). Keďže cieľom bolo zistiť prítomnosť efektu a nie ho kvantifikovať, stačili nám experimenty pre jednu dĺžku plazmovania. Tú sme určovali z pár predchádzajúcich "nástrelov" pri ktorých sme sledovali mieru úhynu baktérií. Pre dlhšie pôsobenie sa zväčšoval úhyn, čo nie je v našom prípade ideálne. Ale pre podrobnejšie skúmanie efektu by bolo naozaj potrebné urobiť širšie spektrum dĺžok pôsobenie a určiť z nich tie najoptimálnejšie.

2) V našej práci sme poškodenie DNA nesledovali. V niektorých článkoch sa uvádza, že plazmové pôsobenie, respektíve jeho produkty (hlavne veľmi reaktívne častice - radikály) spôsobujú poškodenie DNA, ktoré je úmerné pôsobeniu plazmy. Myslím si, že v našich experimentoch k nemu dochádzalo tiež, ale neviem povedať do akej veľkej miery.

Dúfam, že som dostatočne dobre zodpovedal na otázky.

Prajem pekný deň, čo sa týka iných metód, je veľmi efektívnou metóda elektroporácie. Tá sa bežne používa a je o nej aj pomerne dosť výskumov. Pri tejto metóde sú bunky vystavované silnému elektrickému poľu, ktoré spôsobí prechodné vytvorenie pórov v membráne a umožní prestup DNA do bunky. Skúmajú sa aj metódy pri ktorých sa elektroporácia kombinuje s plazmou (Optimization of a plasma facilitated DNA delivery method - Connolly et al. 2014). Alebo sa testujú spôsoby transfekcie pomocou plazmy ale za rôznych podmienok, napríklad primárnym využitím iónov, ktoré sa pri pôsobení plazmy vytvárajú. Taktiež som sa dočítal o metóde, pri ktorej sa na transformáciu používajú nanovlákna. Pri nanášaní suspenzie baktérií spolu s DNA a nanovláknami sa pri tretí vlákna "zabodávajú" do baktérií a umožňujú tak prenos DNA (A simple and rapid method of bacterial transformation - Wilharm et al. 2010).

Ďakujem za reakciu.
Ak som správne pochopil, pýtate sa aký záber by som vyvodzoval ak by (za predpokladu väčšieho počtu meraní) bol výsledok zhody záporne lineárne závislý?

Ďakujem za otázku. Vzhľadom na to, že sa jedná o pomerne novú a ešte nepreskúmanú metódu, je ťažké hovoriť o konkrétnych, jasne stanovených, výhodách. Jednou z potencionálnych výhod je možnosť použiť plazmu na vpravovanie DNA pri génovej terapii. Výhodou oproti používanej elektroporačnej metóde môže byť hlavne to, že nie je pre pacienta až taká nepríjemná ako aplikácia veľkého elektrického poľa, používaného pri elektroporácii. Alebo napríklad použiť plazmu v spojení s elektroporáciou na posilnenie efektu.
Na to aby sa dalo povedať či by mohla nahradiť iné metódy by bolo potrebné urobiť širšie spektrum experimentov. Napríklad oproti elektroporačnej metóde je zatiaľ menej efektívna no jednoduchšia. Oproti transformácii sa javí byť efektívnejšia, ale náročnejšia. Dovolím si povedať, že pri správnom nastavení parametrov plazmovej transformácie by sa mohla efektivitou porovnávať s elektroporáciou. No jedná sa len o môj názor na túto problematiku. Dúfam, že som dostatočne odpovedal na otázku.