Úseky ROH ako indikátory intenzity selekcie na genóm kombinovaných plemien chovaných na Slovensku

Úseky ROH ako indikátory intenzity selekcie na genóm kombinovaných plemien chovaných na Slovensku

Celkové hodnotenie

Vedecká práca
93%
Prevedenie (dizajn)
80%
Diskusná interakcia
60%
PoužívateľVedecká prácaDizajnDiskusná interakcia
RNDr. Miroslav Horváth PhD.100%100%-
Ing. Kristína Lehocká100%100%-
Ing. Zuzana Brnoliaková PhD.80%40%60%
ISBN: 978-80-972360-4-5

Úseky ROH ako indikátory intenzity selekcie na genóm kombinovaných plemien chovaných na Slovensku

Barbora Olšanská1 , Radovan Kasarda , Nina Moravčíková ,
1 Slovenská poľnohospodárske Univerzita v Nitre, Fakulta agrobiológie a potravinových zdrojov, Katedra genetiky a plemenárskej biológie, Nitra, Slovensko
baska.olsanska@outlook.com

Cieľom tejto štúdie bolo analyzovať dĺžku homozygotných úsekov (ROH segmentov) v genóme kombinovaných plemien dobytka, chovaných na Slovensku. Analyzovali sme slovenský strakatý a slovenský pinzgauský dobytok, ako naše dve autochtónne plemená. Ďalej boli analyzované aj plemená holštajn, simentál a ayrshire, ktoré boli v minulosti využívané na zošľachťovanie vyššie spomínaných kombinovaných plemien. V rámci analýzy boli hodnotené ROH úseky >4Mb, ktoré reprezentujú približne posledných 12 generácií predkov. Údaje o genóme pre celkovo 420 zvierat boli získané pomocou dvoch platforiem: Illumina Bovine SNP50v2 BeadChip a ICBF International Dairy a Beef v3. Po kontrole kvality genotypovaných dát databáza obsahovala 35934 SNP markerov. Priemerná dĺžka homozygotných úsekov v rámci autozómov bola: 7,12 Mb v prípade slovenského strakatého dobytka, 8,59 Mb slovenského pinzgauského dobytka, 10,45 Mb u plemena holštajn, 8,8 Mb u plemena simentál a 9,1 Mb u plemena ayrshire. Najdlhší homozygotný úsek bol pozorovaný u plemena ayrshire (15,62 Mb) a najkratší homozygotný úsek bol pozorovaný u plemena holštajn (6,11 Mb). Najsilnejší vplyv selekcie, reflektujúcej chovný cieľ hodnotených plemien, bol v prípade slovenského strakatého dobytka zistený pre chromozóm 5 a 6, u slovenského pinzgauského dobytka to bol chromozóm 6, u plemena holštajn chromozóm 13, u plemena simentál chromozóm 9 a u plemena ayrshire bol najsilnejší selekčný signál lokalizovaný na chromozóme 19. V týchto oblastiach sa u dobytka nachádzajú gény ovplyvňujúce imunitu (IL7R), produkciu hovädzieho mäsa (MYLK), sfarbenie srsti (KIT) a produkciu mlieka (GCG). Výsledky teda preukázali, že selekcia pôsobí zmeny prevažne v oblastiach QTL lokusov podieľajúcich sa na genetickej kontrole produkcie mlieka, mäsa, rozvoja svalov a reprodukcie.

Poďakovanie: 

Táto práca vznikla s podporou projektov APVV-14-0054, APVV-17-0060 a VEGA (1/0742/17).

Zdroje: 

Diskusia

Dobrý podvečer,

chcel by som sa opýtať, podľa čoho sa hodnotí, ktoré plemeno má aké selekčné signály (podľa detekcie) a ako je to ovplyvnené homozygotnými úsekmi v SNP? (pretože spomínate, že plemená holštajn a ayrshire sú využívané na produkciu mlieka, a keď si porovnám Vaše záznamy, tak m i z toho sedí podobnosť na holštajn a simentál.)

Ďakujem za Vašu odpoveď

Dobrý deň, ďakujem za otázku.
Signály selekcie u jednotlivých plemien boli hodnotené na základe výskytu homozygotných úsekov v genóme. Konkrétne sa jedná o 15 za sebou idúcich neprekrývajúcich sa homozygotných okien. Keďže u mliekových plemien (holštajn a ayrshire) dochádzalo k dlhodobej selekcii zo strany chovateľa práve na mliekové vlastnosti, zapísalo sa to do genómu vo forme homozygotných SNP a tieto sa naďalej dedia z rodičov na potomkov. Tak isto je to aj u Simentála u ktorého je v popredí práve mlieková úžitkovosť. z tohto dôvodu sa môžu vyskytovať selekčné signály v rovnakých oblastiach u rozličných plemien a ďalším dôvodom vzniknutej podobnosti je ten, že analyzované mliekové plemená sa podieľali na zošľachťovaní analyzovaných kombinovaných plemien.