Využitie PCR-RFLP pri identifikácii animálnych druhov rodu Malassezia

Využitie PCR-RFLP pri identifikácii animálnych druhov rodu Malassezia

Celkové hodnotenie

Vedecká práca
97%
Prevedenie (dizajn)
94%
Diskusná interakcia
100%
PoužívateľVedecká prácaDizajnDiskusná interakcia
MVDr. František Zigo PhD.100%100%-
MVDr. Veronika Šimaiová100%100%-
RNDr. Ján Graban PhD.100%100%-
Tereza Goliaš80%60%-
MVDr. Natália Hvizdošová PhD.100%100%-
RNDr. Lenka Ihnátová PhD.100%100%-
MVDr. Michaela Harčárová100%100%100%
ISBN: 978-80-972360-0-7

Využitie PCR-RFLP pri identifikácii animálnych druhov rodu Malassezia

Zuzana Sihelská1
1 Univerzita veterinárskeho lekárstva a farmácie v Košiciach, Košice, Slovenská republika
zuzana.sihelska@uvlf.sk

Lipofilné kvasinky patriace do rodu Malassezia sú súčasťou normálnej mikroflóry kože u ľudí a u zvierat. Zároveň však vystupujú ako oportúnne patogény a sú asociované s množstvom dermatologických ochorení. Najčastejšie môžu spôsobiť otitídy a dermatitídy u zvierat a u ľudí široké spektrum kožných ochorení a fungémie.1 V súčasnosti je potvrdená existencia 14 druhov: M. nana M. restricta, M. japonica, M. yamatoensis, M. dermatis, M. obtusa, M. furfur, M. sympodialis, M. globosa, M. slooffiae, M. pachydermatis, M. caprae, M. equina a M. cuniculi.2 Na presnú druhovú identifikáciu sa využívajú molekulovo-biologické analýzy, veľmi často PCR-RFLP podľa autorov Gaitanis a Velegraki (2006), ktorí pomocou PCR (ITS3 a ITS4 primery) a RFLP (AluI, BanI a MspA1I) odlíšili 11 druhov malassezií.3 V nasledujúcich rokoch boli opísané tri nové druhy M. caprae, M. equina a M. cuniculi, ktoré sa vyskytujú u zvierat.2;4 Doteraz nebola vytvorená PCR-RFLP metóda, ktorá by umožňovala identifikáciu všetkých druhov rodu Malassezia. Cieľom tejto štúdie bolo doplnenie pôvodnej PCR-RFLP diagnostiky o tri chýbajúce druhy. Pomocou génových sekvenácií M. caprae a M. equina boli určené veľkosti prepokladaných PCR a RFLP produktov, ktoré boli prakticky overené na referenčných kmeňoch. M. caprae a M. equina majú totožné veľkosti PCR a RFLP produktov (rozdiel 1bp) a nie je možné ich vzájomné odlíšenie. Rovnakú veľkosť má aj druh M. sympodialis zahrnutý v pôvodnej diagnostike. Doplnením PCR-RFLP diagnostiky sa zistilo, že nie je možná vzájomná diferenciácia až troch druhov malassezií (M. caprae, M. equinaM. sympodialis). Táto metóda v súčasnosti nie je vhodná pre identifikáciu druhov rodu Malassezia. Pri druhu M. cuniculi nebolo možné stanoviť veľkosti PCR a RFLP produktov z dôvodu neznámej sekvencie celého genómu.

Poďakovanie: 
Zdroje: 

1 Guillot, J., Chermette, R., Guého, E. Prévalence du genre Malassezia chez les mammiféres. J Mycol Méd 1994; 4:72-79.
2Cabañes, F.J, Vega, S, Castellá, G. Malassezia cuniculi sp. nov., a novel yeast species isolated from rabbit skin. Med Mycol 2011; 49:40-8.
3Gaitanis, G., Velegraki, A. Verifiable single nucleotide polymorphisms of the internal transcribed spacer 2 region for the identification of 11 Malassezia species. J Dermatol Sci 2006; 43:214-217. 
4Cabañes, F.J., Theelen, B., Castellá, G.,Boekhout, T. Two new lipid-dependent Malassezia species from domestic animals. FEMS Yeast Res 2007;  7:1064-1076.

Diskusia